Pierwszym działaniem po otwarciu komory zęba jest ekstrypacja miazgi w znieczuleniu (jeśli jest żywa, lub bez jeśli jest martwa). Zabieg wykonuje się w znieczuleniu, otwierając zęba aż do komory i usuwając zapalne tkanki z wnętrza specjalnymi narzędziami kanałowymi.

Przy leczeniu endodontycznym każdy kanał jest dokładnie płukany i czyszczony za pomocą preparatów hamujących rozwój bakterii - szczególnie beztlenowców. Mechaniczne i chemiczne usuniecie bakterii z kanałów korzeniowych za pomocą narzędzi i leków zabezpiecza bowiem przed wtórnym wystąpieniem zakażenia tkanek okołokorzeniowych. Używa się do tego celu środków chemicznych, które: po pierwsze odkażają kanały, po drugie dają poślizg dla pracujących wewnątrz narzędzi, co zapobiega ich złamaniu, po trzecie zmiękczają wewnętrzne ścianki kanału, co z kolei ułatwia nadanie im odpowiedniego kształtu, a po czwarte wypłukują całą zawartość na zewnątrz pozostawiając kanał czysty.
Po dokładnym oczyszczeniu ubytku próchnicowego, należy odsłonić ujścia kanałów korzeniowych. Następnym etapem opracowanie kanałów jest przeprowadzenie pomiaru długości roboczych kanału lub kanałów. W kanałach umieszczamy na oznaczoną głębokość jednorazowe pilniki kanałowe. Kanały oczyszczamy i poszerzamy za pomocą narzędzi ze specjalnego stopu niklowo-tytanowego i dezynfekujmy na ściśle określonej długości (aż do tzw. otworu fizjologicznego), obficie przepłukując podchlorynem sodu.
Niezbędnymi urzadzeniami nowoczesnej endodncji są: endometr - pozwalający na opracowanie kanału na całej długości, oraz kątnica endodontyczna - przeznaczona do mechanicznego opracowania kanałów, co gwarantuje dużą dokładność wykonanego zabiegu i dobrego przygotowania do wypełnienia kanałów. Poszerzenie odbywa się narzędziami mechanicznymi niklowo-tytanowymi, o stosunkowo małej podatności na złamanie, nawet w mocno zakrzywionych kanałach. W trakcie opracowywania kanałów korzeniowych następuje ostateczne, całkowite usunięcie miazgi kanałowej z kanału korzeniowego oraz toksyn bakteryjnych z kanalików zębinowych, dzięki czemu nadaje się kanałowi odpowiedni kształt, a poszerzony kanał staje się odpowiednio przygotowany do wypełnienia. Następnie starannie osusza się kanały.
W nowoczesnych gabinetach stomatologicznych leczenie kanałowe przeprowadzane jest za pomocą technik mikroskopowych (w dużym powiększeniu), co daje gwarancje najwyższej skuteczności zabiegu. Szczególnie trudne przypadki nasi specjaliści leczą wykorzystując nieocenione w leczeniu endodontycznym mikroskopy zabiegowe. Dzięki temu urządzeniu można zlokalizować liczne ujścia kanałowe, niewidoczne gołym okiem, a odkrycie dodatkowego kanału korzeniowago staje się często realne. Stosując mikroskop można wręcz zajrzeć do wnętrza kanału i pod kontrolą wzroku przeprowadzić prawidłowe leczenie lub usunięcie złamanego podczas poprzedniego leczenia narzędzia kanałowego.